硬盘是工控机的主要存储设备。硬盘由一个或多个铝片或玻璃片组成。这些圆盘上覆盖着铁磁性材料。大多数硬盘都是固定硬盘，永久密封并固定在硬盘驱动器中。
工控机购买新硬盘后，必须先对其进行分区，然后使用格式对其进行格式化，以便将数据存储在硬盘中。
（机械硬盘）
当需要从硬盘读取文件时，首先将分区的bpb参数读取到内存中，然后从目录区读取文件的目录表。找到对应文件的第一个扇区和fat表的入口，然后从fat表中找到后面的扇区。该区域的相应链接，将硬盘的磁臂移动到相应的位置进行文件读取，读取文件结束时标上“FF”，表示文件结束，从而完成文件的读写操作。
当工控机需要保存文件时，操作系统第一步要在目录区（directoryarea）中找到对应的空闲区写入名称、大小、创建时间等信息，然后在数据区中找到保存文件的空闲区，再将数据区的第一个集群写入目录区，完成填充脂肪桌。具体操作与文件读取类似。
（机械和固态硬盘）
当工控机需要删除文件时，操作系统只将目录区中文件的第一个字符改为“e5”表示文件已被删除，而且需要重写引导扇区第二扇区中的相应信息，来表示分区占用的空间大小，数据区域中的文件信息尚未删除。
在对工控机硬盘进行分区和格式化时，fdisk用于重建硬盘分区表，硬盘的格式化用于重建fat表，而不是直接从数据区域删除数据。
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